ویروس‌های آنفلوانزای پرندگان (AIVs) تهدیدی دائمی برای صنعت طیور و سلامت عمومی محسوب می‌شوند. زیرگروه H9N2 از دهه ۱۹۹۰ در خاورمیانه بومی شده و به عنوان اهداکننده قطعات ژنتیکی عمل کرده و ظهور ویروس‌های جدید را از طریق بازآرایی ژنتیکی تسهیل می‌کند. این مطالعه به تحلیل فیلوژنتیکی روابط تکاملی و بازآرایی‌های ژنتیکی میان توالی‌های ویروس آنفلوانزا در منطقه پرخطر ایران، پاکستان و کشورهای همسایه آن‌ها می‌پردازد. در این پژوهش، توالی‌های هر شش ژن داخلی (PB2، PB1، PA، NP، M و NS) ویروس‌های آنفلوانزای A با منشاء پرندگان از کشورهای ایران، پاکستان، عراق، ترکیه و افغانستان مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. توالی‌ها از پایگاه داده عمومی BV-BRC استخراج شدند. بازسازی فیلوژنتیکی برای هر قطعه ژنی با استفاده از روش «حداکثر درست‌نمایی» (Maximum Likelihood) در نرم‌افزار RAxML (نسخه 8.2.12) و مدل GTR+GAMMA انجام شد؛ همچنین استحکام توپولوژیک درخت‌ها با استفاده از ۱۰۰۰ تکرار بوت‌استرپ (bootstrap replicates) ارزیابی گردید. بررسی و تحلیل درخت‌های فیلوژنتیکی، پویایی‌های ویروسی متمایزی را آشکار ساخت. زیرگروه H9N2 در میزبان‌های پرنده متنوعی شناسایی شد؛ به طوری که توالی‌های به‌دست‌آمده از مرغ‌های اهلی، اردک‌ها و کبوترها، خوشه‌های درهم‌تنیده‌ای را در درخت فیلوژنتیکی تشکیل دادند که این امر نشان‌دهنده چرخش فعال و سازگاری ویروس در میان گونه‌های مختلف پرندگان است. تحلیل فیلوژنتیکی H9N2 عمدتاً خوشه‌های متمایز و مختص به هر کشور را برای جدایه‌های ویروسی ایران و پاکستان نشان داد که حاکی از تکامل مستقل ویروس‌های بومی در جمعیت‌های طیور هر یک از این کشورهاست. با این حال، برخی بخش‌های درخت، شاخه‌های فیلوژنتیکی مشترکی را با توالی‌های بسیار نزدیک از هر دو کشور نشان دادند که شواهدی از انتقال فرامرزی ویروس فراهم می‌آورد. شواهد همچنین حاکی از احتمال وقوع رویداد بازآرایی (reassortment) میان ویروس H9N2 ایرانی (مربوط به سال ۲۰۰۹) و ویروس H7N3 پاکستانی (مربوط به سال ۲۰۰۴) در ارتباط با ژن PB1 است که نشان‌دهنده تبادل ژنتیکی بین این سویه بسیار بیماری‌زا و ویروس H9N2 می‌باشد. در مجموع، تحلیل‌های فیلوژنتیکی نشان داد که چرخش ویروس در این دو کشور منجر به شکل‌گیری دودمان‌های متنوع و مستقلی شده و در عین حال، شواهدی از تعامل ویروسی میان آن‌ها نیز وجود دارد.

از این رو، مطالعه حاضر بر نیاز فوری به ایجاد یک چارچوب نظارتی منطقه‌ای و هماهنگ، مبتنی بر رویکرد «سلامت واحد» (One Health)، تأکید می‌ورزد. چنین سیستمی که بر پایش تغییرات ژنتیکی ویروس‌های آنفولانزا متمرکز است، امکان هشدار زودهنگام در خصوص تهدیدهای نوظهور را فراهم کرده و از تدوین راهکارهای مؤثرتر برای حفاظت از صنعت طیور و کاهش مخاطرات سلامت عمومی پشتیبانی می‌کند